化学法主要是通过改变压载水中某些化学物质或元素的含量，以创造压载水内有害细菌与微生物抑制环境来进行压载水处理。

臭氧法。臭氧是一种强氧化剂，在环境中产生氧原子能迅速杀死压载水中的微生物和病原体，而且不存在二次污染问题。但是臭氧处于一种高度不稳定状态，只能通过臭氧发生设备现场制备，费用较高，需要较高的管理维护水平，因此该用于船上压载水处理存在一定困难和问题。
氯化法。该法利用漂白剂、氯qi及其衍生物对处理压载水用以去除浮游植物和原生动物以及细菌是可行的，但对于不同的目标生物所需氯含量不同。一般的少量氯对杀死压载水中的细菌有明显效果，而对于浮游藻类，因为耐受性强，需要较高的有效氯含量进行处理。此外，压载水中氯含量过高也会造成二次污染。

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